| Матч | Дата 1-го матча | Дата 2-го матча | Счёт 1-го матча | Счёт 2-го матча |
| Левадия (Эстония) - Пандурий Тыргу-Жиу (Румыния) | 16.07.2013 | 25.07.2013 | 0:0 | 0:4 |
| Анортосис (Кипр) - Ефле (Швеция) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 3:0 | 0:4 |
| Астра Джурджу (Румыния) - Омония (Кипр) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:1 | 2:1 |
| Берое (Болгария) - Хапоэль Тель-Авив (Израиль) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:4 | 2:2 |
| Брейдаблик (Исландия) - Штурм (Австрия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 0:0 | 1:0 |
| Валетта (Мальта) - Минск (Белоруссия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:1 | 0:2 |
| Вентспилс (Латвия) - Женнес Эш (Люксембург) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:0 | 4:1 |
| Войводина (Сербия) - Гонвед (Венгрия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 3:1 |
| Гётеборг (Швеция) - Тренчин (Словакия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 0:0 | 1:2 |
| Дила Гори (Грузия) - Ольборг (Дания) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 3:0 | 0:0 |
| Динамо Минск (Белоруссия) - Локомотива Загреб (Хорватия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:2 | 3:2 |
| Диферданж 03 (Люксембург) - Утрехт (Голландия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:1 | 3:3 |
| Жальгирис (Литва) - Пюник (Армения) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 1:1 |
| Зриньски (Босния и Герцеговина) - Ботев Пловдив (Болгария) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:1 | 0:2 |
| Иртыш (Казахстан) - Широки Бриег (Босния и Герцеговина) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 3:2 | 0:2 |
| Карабах (Азербайджан) - Пяст Гливиц (Польша) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:1 | 1:2
д.в.: 1:0 |
| КР Рейкьявик (Исландия) - Стандард (Бельгия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:3 | 1:3 |
| Ксанти (Греция) - Линфилд (Северная Ирландия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 0:1 | 1:0
д.в.: 1:1 |
| Кукеси (Албания) - Сараево (Босния и Герцеговина) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 3:2 | 0:0 |
| Маккаби Хайфа (Израиль) - Хазар (Азербайджан) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 8:0 |
| Мальмё ФФ (Швеция) - Хиберниан (Шотландия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 7:0 |
| Младост Подгорица (Черногория) - Сеница (Словакия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:2 | 1:0 |
| Олимпия (Словения) - Жилина (Словакия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 3:1 | 0:2 |
| Петролул (Румыния) - Викингур (Фарерские острова) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 3:0 | 4:0 |
| Риека (Хорватия) - Престатин Таун (Уэльс) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 5:0 | 3:0 |
| Русенборг (Норвегия) - Сент-Джонстон (Шотландия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 0:1 | 1:1 |
| Сконто Рига (Латвия) - Слован Либерец (Чехия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:1 | 0:1 |
| Спарта (Чехия) - Хеккен (Швеция) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:2 | 0:1 |
| Стрёмгодсет (Норвегия) - Дебрецен (Венгрия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:2 | 3:0 |
| Трабзонспор (Турция) - Дерри Сити (Ирландия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 4:2 | 3:0 |
| Тромсё (Норвегия) - Интер Баку (Азербайджан) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 0:1 |
| Тун (Швейцария) - Чихура Сачхере (Грузия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 3:1 |
| Хайдук (Хорватия) - Горизонт Турново (Македония) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:1 | 1:1 |
| Хёдд (Норвегия) - Актобе (Казахстан) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:0 | 0:2 |
| Хонка (Финляндия) - Лех (Польша) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:3 | 1:2 |
| Црвена Звезда (Сербия) - Вестманнаэйяр (Исландия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 0:0 |
| Черноморец (Украина) - Дачия (Молдавия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:0 | 1:2 |
| Шахтер Солигорск (Белоруссия) - Милсами (Молдавия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 1:1 | 1:1
д.в.: 0:0 пен.: 2:4 |
| Шленск (Польша) - Рудар (Черногория) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 4:0 | 2:2 |
| Ягодина (Сербия) - Рубин (Россия) | 18.07.2013 | 25.07.2013 | 2:3 | 0:1 |
